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補助金に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額について

印刷ページ表示 ページ番号:0669821 2023年3月16日更新医療推進課

概要

・課税事業者は、課税売上高に対する消費税額から、課税仕入れに係る消費税額等を控除した額を消費税として納付することとなっています。
・補助金収入は、消費税法上不課税取引に該当しますが、補助事業に掛かった経費を控除対象仕入税額に算入することも出来るため、報告された仕入控除税額は、事業者に対して重複して交付したことになります。そのため、県に返還をする必要があります。

仕入控除税額報告の要領

(1)報告対象

補助金の交付要綱により消費税仕入控除税額報告を行うことが求められている事業者
(返還額が0円の事業者でも報告は必要です。)

(2)報告の時期

消費税の確定申告後、速やかに行うこと。(概ね1か月以内)

 ※報告漏れがないよう注意してください。

(3)報告に必要な書類

・仕入控除税額報告書(下記、様式参照)
・補助金の交付決定を受けた年度の消費税の確定申告書及び付表2-3(又は付表2-1、2-2)「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」
・特定収入割合が分かる書類(医療法人社団及び医療法人財団を除く。)

仕入控除税額(返還額)の計算方法

(1)返還額が0円の事業者の場合

•消費税の申告義務がない。
•簡易課税方式により申告している。
•公益法人等であって、特定収入割合が5%を超えている。(医療法人社団及び医療法人財団を除く)
•補助対象経費にかかる消費税を、個別対応方式において、「非課税売上のみに要するもの」として申告している。
•補助対象経費が人件費等の非課税仕入となっている。

※返還額が0円の場合でも県への報告は必要です

(2)仕入控除税額(返還額)がある場合

ア 課税売上割合が95%以上かつ課税売上高が5億円以下の法人等の場合
  補助金額×10/110=返還額

イ 課税売上割合が95%未満の法人等、又は課税売上割合が95%以上かつ課税売上高が5億円を超える法人等であって、個別対応方式により消費税の申告を行っている場合
  AとBの合計額

  A 課税売上のみに要する補助対象経費に使用された補助金
   補助金額×課税売上のみ/補助対象経費×10/110=返還額
  
  B 課税売上と非課税売上に共通して要する補助対象経費に使用された補助金
   補助金額×共通するもの/補助対象経費×課税売上割合×10/110=返還額

ウ 課税売上割合が95%未満の法人等、又は課税売上割合が95%以上かつ課税売上高が5億円を超える法人等であって、一括比例配分方式により消費税の申告 を行っている場合
  補助金額×課税仕入額/補助対象経費×課税売上割合×10/110=返還額

※平成26年3月31日までの課税分は、「5/105」、平成26年4月1日から令和元年9月30日までの課税分は、「8/108」で計算してください。
※課税仕入に係る税率が2種類含まれる場合はそれぞれ分けて計算し、それらを足し上げてください。

(3)注意事項

・返還額の計算において、課税売上割合は端数処理を行わずに計算し(ただし、消費税の申告において、課税売上割合を端数処理した場合には、その割合を用いる。)、また、算出された返還額は円未満を切り捨てること。
・作業にあたっては、税理士等に相談して報告書を作成してください。
・当課所管以外の補助金に係る仕入控除税額報告の取扱いについては、それぞれの補助金の所管部署に確認いただきますようお願いいたします。

仕入控除税額(返還額)の納付

報告された仕入控除税額(返還額)については、後日、県から事業者に対して納付書(請求書)を送付しますので、事業者は金融機関の窓口等で返還金を納付してください。

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